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如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路?

2016-09-14技术资料

如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路

有一些基因,打算确定他们分别和哪些代谢通路相关,想从KEGG里定位,如何实现呢?
我把我摸索的提供一下,可能看起来很简单,但是对于从来不知道的(比如以前的我)朋友,找起来可能有点小麻烦。
以Human的个别基因为例:
首先打开网址:http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.htm

1249bac30d.jpg

图中标示了红色1,2,3,为我们操作的地方。其中,1是下拉菜单,选择感兴趣的物种,默认是Reference Pathway,我选择Homo sapiens(Human)为例;2是输入感兴趣基因的地方,当然修改好格式的文档也可以直接上传,文本文档可以支持,其他的没试过;3是执行按钮。此处,需要说明一下:fgcolor为前景颜色(个人理解),默认即可,无需关注;bgcolor为背景颜色,将来会在代谢通路中以此颜色突出显示你关注的基因,所以建议设置一下,我的示例数据如下图:

1250e35910.jpg
点击第一张图中的3,即Exec,应该出来下面的结果:

1251af3429.jpg

接下来就可以点击相关的pathway看看你的基因位置了。

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