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NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列?

2016-09-06技术资料

想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列
我是想从一种真菌中P一个基因,但是找到了几个类似的,只能得到它的蛋白序列,却找不到基因序列 ,想问下虫友们,如何找到啊,或者是否能从蛋白序列去设计引物。

还有就是,在这一种病害的另一种致病菌中找相同的基因,就能找到基因序列,这是为什么啊?
DBSOURCE    accession 点开了 可是打开后也还是没有基因序列,是一部分一部分的蛋白序列

 

在NCBI里的nucleotide 中搜索你要找的核酸序列,你可以根据基因名字查找,也可以根据ncbi序列号查找。用不着blast吧
 

楼上的是一种方法,肯定有的NCBI里,你可以请教一下实验室的人,还有就是你不能以氨基酸序列来设计引物,差距太大,不容易得到结果,实验顺利啊,加油

博发彩票APP下载基因用PRIMER5翻译出来为什么和密码子不符?


在NCBI里的nucleotide 中搜索你要找的核酸序列,你可以根据基因名字查找,也可以根据ncbi序列号查找。用不着blast吧
不好意思啊,是我说的不准确,NCBI里能找到那个基因,但是打开后,只有蛋白序列,没有像别的基因一样,能够出来基因的序列

楼上的是一种方法,肯定有的NCBI里,你可以请教一下实验室的人,还有就是你不能以氨基酸序列来设计引物,差距太大,不容易得到结果,实验顺利啊,加油
设计肯定得找到基因序列,可是能下到基因组序列,没有找到对应的那个基因的序列
 
听你的意思,你是想做同源克隆啊,那你就不用找什么基因序列了,估计目前没有发表的。同一个基因在不同物种里面一般会有高度保守的序列的,就像小鼠的Klotho基因和人的Klotho基因具有很高的同源性一样。
你可以找到这个蛋白的CDS序列(如果其CDS序列是标出来的),去Blast,然后取其高度保守的部分,设计兼并引物来进行PCR,这样就可以了。
 

你可以把你要查的基因。还有你做的真菌名称发上来。我帮你搜搜

 
用CDS确实能找到啊,不过5个里面只找到了三个,其他的两个,没有基因序列显示,只有下面这些东西,求解释啊,非常感谢啊
CONTIG      join(ABJE01000167.1:1..25706,gap(176),ABJE01000168.1:1..24274,
            gap(7676),ABJE01000169.1:1..1663,gap(7637),ABJE01000170.1:1..33867,
            gap(125),ABJE01000171.1:1..5120,gap(unk100),ABJE01000172.1:1..9906,
曾经的我

你可以请教一下实验室的人,还有就是你不能以氨基酸序列来设计引物,差距太大,不容易得到结果,实验顺利啊,加油

 
已经找到了其中的三个基因序列,还有两个找不到的,谢谢鼓励,大家一起加油
 

我想问下在NCBI上找不到目的基因序列该怎么办呢

找到CDS 右键新打开一个窗口 试试
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